Bin jetzt auf eine "4 CPU 8GB RAM Linux"-Maschine umgezogen und habe ein wenig Geschwindigkeitszuwachs (max 10%) bekommen.

Habe jetzt erste Optimierungen am Code vorgenommen und unter anderem folgende Zeile auskommentiert:
src/classes/components/isys_component_list.class.php:422-428

Hier werden HTML-Tags (und JS-Events) um die Werte aus der DB gepuzzelt um diese in der Temp-Tabelle abzulegen, was leider die Datentransfermenge extrem erhöht.
Bei der Anzeige der Tabelle werden die Tags, da diese noch nicht vorhanden sind, eingefügt.

Geschwindigkeitsvorteil: min. 50%

Werde am Montag weiter an Optimierungen arbeiten, vor allem die Geschichte mit dem dtree werde ich mir anschauen.
(kann derzeit keine Workflows erstellen, weil 9000 Objekte zuviel sind für das Script)