Konnte mir selbst helfen:
Hier eine mögliche Hilfestellung für diejenigen, denen ähnliches passiert. Es geht sicher eleganter und professioneller.

isys_obj__status in der tabelle isys_obj gibt den zustand eines Objekts an. 3 heisst vermutlich archiviert, 2 aktiv.
isys_obj__id inkrementiert und ist der Index für alle Objekte.  Die Ursprungsuser "Admin" "Archivar" etc. müssen niedrige isys_obj__id Werte besitzen, da sie bei der Installation des Systems erzeugt wurden.
isys_obj__created zeigt das Erstellungsdatum/-zeitpunkt eines Objekts. Somit der Wert für "Admin" etc. nahe am Installationszeitraum von I-Doit liegen.
isys_obj__created_by führt den Erzeuger des Systems auf. Hier ist i-doit wunderbar sauber und zeigt "System" als Erzeuger an.
isys_obj__isys_obj_type__id gibt den Typ eines Objekts an: 53 = einzelne User, die Werte 54 und 60 sind mir nicht klar, Gruppen und Gruppenmitglieder?
isys_obj__title gibt den Namen eins Objekts an. "guest","reader","editor","author","archivar","admin" scheinen wichtig zu sein 🙂

Also:
0. Mit mysqldump ein Backup der Datenbank. Ich bin hier im Blindflug unterwegs 🙂
1.Mit mysql client mit der DB verbinden
2. select * from isys_obj where isys_obj__status=3 and isys_obj__created_by="system";
3. So jetzt Augen auf und sich die isys_obj_id der in Frage kommenden Objekte aufschreiben. (z.B. in meinem Fall ist die isys_obj_id = 22 wo der Wert von isys_obj__title = "admin" isys_obj__created_by "system" kommt auch hin)
4. update isys_obj set isys_obj__status=2 where isys_obj__id= 22 (22 bitte durch Eure gefundenen IDs ersetzen)
Fertig. Ich musste 3 Sek warten, dann konnte ich mich wieder über das Webinterface anmelden, meine Kiste ist extrem lahm.