An /var/lib/dpkg würde ich nur mit dem dpkg- oder apt-Befehl indirekt rangehen.
Allerdings kannst Du /var/www/html/updates/versions komplett leermachen - das sind die ausgepackten Dateien für idoit-Updates. Da kommen - in der Anzeige verteilt auf die Unterordner - auch nicht wenige Inodes zusammen.
Was die Platte über Nacht voll macht, kann ich Dir aber auch nicht sagen (und wüßte auch nicht, wie man das herausfinden kann). Sorry.
